تضم كلية الهندسة ببنها الأقسام التالية: قسم الهندسة المدنية، قسم هندسة العمارة، قسم هندسة القوى والآلات الكهربية، قسم هندسة الإلكترونيات والاتصالات، قسم هندسة الحاسبات والنظم، قسم هندسة الميكاترونيات والروبوتات، قسم الهندسة الميكانيكية، قسم هندسة الطيران والفضاء، قسم الهندسة الكيميائية، قسم هندسة البترول والتعدين.